Итоги голосования для комментария:
Zmaj Хороший и сложный вопрос. С одной стороны кажется, что модифицировать сложность знака в зависимости от количества выученных опций — хорошая идея, стройная и понятная. С другой стороны могут появиться вопросы к стоимости знаков, как в вашем примере.
Видимо, самый лучший вариант попробовать учесть обе идеи вычисления стоимости знака. По какому-то правилу (его сейчас нет) вычисляем стоимость знака со всеми включенными опциями, в зависимости от количества не выученных опций модифицируем стоимость знака. В таком примере действительно невидимый огненный шар может стоить дешевле, но просто сюжетно в части ситуаций это может стать неудобно. К примеру, очень неудобно пользоваться невидимым огнем, зажженным при использовании такого знака. С другой стороны пожар, запущенный от невидимого огня, — страшная вещь. Надеюсь, кто-нибудь еще идей подкинет.
А сложность знака будет 1 или сразу 5? 

думаю, правило применять однозначно. Выучил 3 опции от волка в том числе клыки — стоимость 3, выучил только клыки от медведя — стоимость 1. Это даст игроку возможность подходить к развитию персонажа стратегически, игра в игре, создание билда.