По сюжету, с момента событий первой части прошло двадцать лет, на дворе 2035-й. Война с пришельцами выиграна, но при этом победившая сторона, как ни странно, обнаруживает себя отнюдь не в шоколаде, а вовсе даже наоборот. Внезапно выяснилось, что побеждённые пришельцы всего лишь хотели, чтобы их любили, что они тоже разумные существа, что у них тоже есть права, и всякое такое. Совершенно логично оказалось, что Экстренный Комитет X-Com — вовсе не герои и не спасители, а совсем даже злодеи, опасные террористы, убивавшие бедненьких несчастненьких инопланетян, вместо того, чтобы пытаться поговорить с ними (и, кстати, возможно именно икс-комовцы начали стрелять первыми, начав тем самым ужасную войну). И потому X-Com объявили вне закона. Это, как вы понимаете, и был хитрый план захватчиков — обломав когти в прямом военном противостоянии, они перешли к информационным методам воздействия, и в них преуспели гораздо больше. Теперь игроку предстоит, действуя скрытно, на нелегальном положении, вернуть Землю людям — воюя с пришельцами, с их многочисленными местными союзниками, и стараясь при этом не очень настраивать против себя гражданских, которых, в общем-то, всё устраивает и при инопланетных хозяевах и которые просто хотят тишины и покоя.