P.S. Реализация:
Добавить в профиле пользователя поле «Максимальная глубина дерева комментариев».
Описывать шаги по добавлению этого поля, сохранению данных в БД и загрузки из БД не буду ;-)
$config['module']['comment']['max_tree'] = 7;
// Максимальная вложенность комментов при отображении
Загружать это поле можно на этапе загрузки конфигов модулей:
/ls/config/modules/max_tree/config.php