Итоги голосования для комментария:
Finitumus Попробуй разбить таймлайн на большие сюжетные блоки (акты), а внутри каждого из них расписать 2-3-4 возможные сцены. Сцены не увязывать все жёстко между собой, а сделать несколько необязательных (порадуют — не порадуют) и наметить возможные пути перехода к другим сценам в зависимости от действий группы и достигнутых результатов.

Всё равно время в мире как-то идёт, какие-то события происходят, так? Часть событий будет происходить независимо от действий персонажей, а часть — в зависимости от того, что они нарасследуют.
Можно завести что-то типа сюжетного таймера из «Монстров недели»: пусть время идёт со скоростью сюжета :), но разделить его условно на «день, вечер, ночь, утро», для каждого этапа расписать, что делают NPC, если PC не успели этому помешать (день: стюард Джон застаёт шпиона Сэма, переодетого горничной, выходящим из каюты магната Питера. Сэм убивает Джона и прячет тело. Он не нашёл карту алмазных рудников.
вечер: матрос Билл находит тело Джона и поднимает тревогу.
ночь: Сэм приходит в каюту Питера, обездвиживает того уколом иголки с редким парализующим ядом, привязывает к креслу и угрозами пытается заставить Питера рассказать, где карта.
утро: Сэм забирает карту, убивает Питера, обставляет дело так, будто это самоубийство, и сходит на берег в ближайшем порту.)

Действия PC продвигают таймер, могут его останавливать или, наоборот, передвигать сразу через несколько отметок.)

Больше без конкретных примеров сложно сказать. :)

Если с таймлайном не получается, можно взять локационный принцип: выделить ключевые локации, основных NPC, написать для них возможные сцены. Опять же, часть сцен сделать необязательными и написать, к каким сценам из каких можно перейти.
+