Итоги голосования для комментария:
illotum Я начинал как раз с Тидливики, но имхо процесс на вики-движках тяжеловат. Пользуюсь Markdown текстами в git репозитории если только тексты, и Scrivener для мультимедиа. Ну и дропбокс, да.

Для графов тоже FreeMind, плюс Scapple (последнее приобретение — исключительно доволен).

Наиболее продуктивным методом писать текст оказался git репозиторий, могу запилить пост с гайдом. Удобнее всего собирать материалы в одном месте — в Скрайвенере. А прототипировать имхо лучше всего на бумажке, майндмэпы у меня так не срабатывают (стесняет древовидная структура).
+