Нечто близкое к описанному в пункте 1 и предполагается, единственно что альтернатива прыжкам через червоточины — старые добрые релятивистские двигатели (единственно что с практически не ограниченным запасом хода), что значительно ограничивает в плане исследования космических окрестностей: когда до ближайшего небесного тела лететь почти неделю, а до чего-то интересного — месяцы или даже годы, особо не покролишь. Опять же, масштабы не приветствуют поиск неразмеченных точек интереса.
А таможни предполагаются на станциях и космодромах.

Сделано это в основном для того, чтобы отсечь вопросы типа «а почему мы не можем просто туда полететь» или «а почему бы им не найти другую похожую планету» и подтолкнуть игроков к более тесному общению с окружением.
Но мне не нравится, что это выбивает из поинткрола собственно поинткрол, в предельном случае превращая его в «нажмите кнопку, чтобы попасть в X», а в случае первого приходящего в голову очевидного решения — в «пройдите проверку Пилотирования, чтобы попасть в X, иначе получите случайку».
Приколы с самими координатами — это само собой разумеется, но это другая плоскость вопроса.

Да, добавить случайку на выходе — это самое очевидное, что приходит в голову, и в то же время самое скучное (даже на фоне «ничего никогда не происходит»). Содержимое случаек при этом в целом не проблема-то.

Да, вопрос больше геймификации. Грубо говоря, при имеющемся варианте на корабль персонажей не может напасть страшное космическое чудовище, они не могут заметить не нанесенный на карту космический маяк или перехватить сигнал SOS, а постоянно подставляющие с координатами информаторы — это намного хуже киберпанковского Джонсона, который обязательно дает задание с подвохом. И вот какие можно сделать изменения для того, чтобы межзвездные перелеты не превратились в «нажми кнопку, чтобы попасть в X» — у меня затык.

Это разумеется, экзотическая материя для того и введена, и это одна из сюжетных функций координат.

Да, можно. В целом, учитывая, что прыжки не бесплатные, это будет даже не совсем бессмысленно, но тут недостает какой-то неожиданности, что ли. Но как добавка к чему-то еще — да, рассматриваю такой вариант.

Первое ломает нарративные функции координат, а второе… Я пока не рассматриваю наличие FTL-радио в сеттинге, поэтому пока что (начерно) все сообщения между планетами осуществляются с помощью почтовых ракет. Они, разумеется, беспилотные.
О, а это и правда может быть основой для «сети» поинткрола — более-менее населенные миры имеют таможни, которые принимают корабли только по предварительному согласованию, которое осуществляется по межпланетной почте. Соответственно, из одного населенного мира в другой можно попасть только вдоль маршрута следования почты. Необитаемые миры и миры фронтира, где еще нет таможень, можно посещать когда угодно откуда угодно, хотя на фронтире лучше все же заранее предупредить, а то могут понять неправильно.
Это, правда, переносит все сопутствующие челленджи перелета на предполетную стадию. Но ведь нам и надо как-то отвязать их от процесса полета, который у нас (в черновом варианте) занимает пренебрежимо малое количество времени. Недостаток, конечно, в том, что это лишает процесс той самой неожиданности, на которую я жалуюсь выше. Но ее можно оставить для вылета в необитаемые миры и фронтир в виде случайки на выходе. Это заодно выступит игромеханической компенсацией более легкой процедуры прилета — мы можем перемещаться безопасно, но (относительно) медленно и с доступам к широкому спектру услуг, либо быстро, но рискованно и не факт, что нужные нам услуги будут доступны.

Вообще это довольно хорошо ложится на то, как я себе это представляю. Не именно то, что изложено, а то, что в «молодые» осваиваемые системы выходить приходится возле газовых гигантов и суперземель. Их орбиту (и, следовательно, координаты со всеми необходимыми поправками) попросту проще вычислить из другой системы. Хорошая деталь для сеттинга, спасибо.